ראשית שנות ה-60 הייתה תקופה שקטה מן הבחינה הביטחונית. יחד עם זאת, לתודעת הציבור פרץ המאמץ המצרי לפתח טילי קרקע-קרקע ארוכי טווח. במצעד יום המהפכה ביולי 1962, נחשפו טילים מצריים, ונשיא מצרים נאצר טען שהם יכולים להגיע "דרומית לביירות". עד מהרה נודע ברבים כי בפרויקט הטילים המצרי פועלים מדענים גרמנים. לישראל הגיעו ידיעות כי הללו עוסקים גם בפיתוח נשק לא קונבנציונאלי.

"המוסד", בראשות איסר הראל, החל לאסוף מידע בנושא ולפעול לפגיעה במדענים במגוון דרכים. במרץ 1963 נתפסו שני אנשי "מוסד" בשווייץ והנושא הגיע לתודעת העולם, בעוד ישראל ממשיכה בפעולותיה החשאיות. הציבור הישראלי נחרד מהידיעות על נשק השמדה המוני במצרים ולא פחות מכך הושפע מחלקם של גרמנים בפרויקט. נוצרה מחלוקת: בעוד איסר הראל דורש לפעול נגד גרמניה, ייצג בן-גוריון קו פרגמאטי יותר, גם על רקע הסיוע הכלכלי והביטחוני מגרמניה. בן-גוריון ושמעון פרס דחו את ההערכה של "המוסד" ואילו גולדה מאיר ואחרים תמכו בה. בן-גוריון כלל את המחלוקת בסיבות להתפטרותו בשנת 1963.

לקראת הבחירות של שנת 1965 נרשמה אבן דרך בתולדות המשפט החוקתי במדינת ישראל. לראשונה בתולדות המדינה נפסלה רשימה שביקשה להשתתף בבחירות, כשהסיבה לפסילתה היא עמדותיה ביחס למדינת ישראל. "רשימת הסוציאליסטים" כללה חברים בארגון "אל ארד", שהוכרז כהתאגדות בלתי חוקית. ועדת הבחירות המרכזית פסלה את "רשימת הסוציאליסטים", והרשימה ערערה לבית המשפט העליון. פסק הדין, שנודע כ"פסק דין ירדור", ניתן ברוב קולות. נשיא בית המשפט העליון אגרנט והשופט זוסמן סברו שיש לפסול את "רשימת הסוציאליסטים", ואילו השופט חיים כהן סבר שאין לפסול רשימה אלא אם החוק מתיר זאת במפורש. שופטי הרוב חשבו שאי-אפשר להתיר את השתתפותה בבחירות של רשימה הקוראת לחיסול מדינת ישראל. הסוגיה נגעה גם לסמכות ועדת הבחירות המרכזית לפסול רשימות, עניין שנפתר רק בשנת 1985, עם תיקון חוק יסוד: הכנסת, כך שניתנה לוועדה סמכות לפסול רשימה שמטרותיה או מעשיה שוללים את קיומה של מדינת ישראל כמדינת העם היהודי או שוללים את אופייה הדמוקרטי של המדינה או שיש בהם הסתה לגזענות.

לוי אשכול (1969-1895) נולד ברוסיה ועלה ארצה בשנת 1914. היה בין מייסדי דגניה ב'. מילא תפקידים כלכליים בהסתדרות. לאחר קום המדינה ניהל את המחלקה להתיישבות של הסוכנות היהודית בימי העלייה ההמונית. בשנת 1951 מונה לתפקיד שר החקלאות ובשנת 1962 היה לשר אוצר. עם התפטרות דוד בן-גוריון מן הממשלה בשנת 1963, מונה אשכול על-ידי מפא"י למלא את מקומו. אשכול, שהיה איש של פשרה, ניסה לפשר בין בן-גוריון ובין פנחס לבון בתקופת "הפרשה" והמשיך בגישתו גם כשבן-גוריון פרש והתעמת עם מפא"י. אשכול שבע מרורים מדוד בן-גוריון, שניסה לערער את מעמדו כראש הממשלה. בסופו של דבר, בעימות החזיתי ביניהם בוועדת מפא"י בראשית שנת 1965, גבר אשכול על בן-גוריון. אשכול הוביל את מדינת ישראל למלחמת ששת הימים. בתקופת ההמתנה התערער אמון הציבור בו עקב מה שנתפס כהססנותו ועל רקע עלייתו של משה דיין הפופולארי. היום מקובל לראות באשכול מנהיג שידע לנווט היטב את מדינת ישראל במים הסוערים במישור הכלכלי והביטחוני, עד לניצחון בשנת 1967.

אחת הדמויות הססגוניות שהתמודדו בבחירות לכנסת השישית הוא אייבי נתן. יליד איראן, שגדל בהודו ושירת בחיל האוויר הבריטי, אייבי נתן התנדב כטייס במלחמת העצמאות. נתן שירת בחיל האוויר ועבד כטייס באל-על. לאחר מכן פתח את "קפה קליפורניה" בתל-אביב. לקראת הבחירות בשנת 1965 החליט אייבי נתן לרוץ לכנסת ולקדם את חשיבות ההגעה להסכמי שלום עם מדינות ערב. נתן רץ ברשימת יחיד בשם "נס" וזכה רק ב-2,135 קולות.

 

אייבי נתן המשיך לקדם את עמדותיו. בפברואר 1966 הוא טס למצרים במטוסו הפרטי, "שלום 1", ונחת בפורט סעיד. לאחר יממה, גורש לישראל. נתן זכה לפרסום עולמי והחל לקדם את השלום במסע שערך בין בירות העולם. ביולי 1967 שוב טס למצרים ושוב גורש, וב-1969 הגיע למצרים בטיסה מסחרית, וגורש בפעם השלישית. לאחר מכן הקים נתן תחנת רדיו על ספינה בים התיכון, והטיף בה לשלום אזורי. בשנות ה-60 וה-80 פעל לטובת מגעים עם אש"ף ושבת רעב לשינוי האיסור על מפגשים כאלו. אייבי נתן נפטר בשנת 2008.