האירוע המרכזי שקרה לפני בחירות 2006 היה ביצוע תכנית ההתנתקות בקיץ של שנת 2005.
מהות התכנית היה פינוי חד-צדדי של כל הנוכחות הישראלית ברצועת עזה, וכן פינויים של ארבעה ישובים מבודדים בצפון השומרון. ערב ההתנתקות חיו ברצועת עזה כ-8,600 אזרחים ישראלים.
התכנית אושרה על-ידי הכנסת, כחוק, בחודש פברואר 2005. אריאל שרון תכנן לעזוב את רצועת עזה ללא משא ומתן עם הפלסטינים ולחזור בדיוק לגבול הקו הירוק. במסגרת התכנית הייתה כוונה לפנות מבנים דתיים ולהעבירם בשלמותם לישובים שיוקמו עבור המפונים בתחומי מדינת ישראל. כמו-כן, הוחלט להרוס את בתי המגורים של המתיישבים היהודים באזור רצועת עזה. בנוסף לכך, נקבע מנגנון של פיצוי ושיקום של התושבים המפונים.
התכנית עוררה סערה ודיון ער בציבור הישראלי. ברחבי הקשת הפוליטית רבו התומכים בה, ובסופו של דבר התרכזה ההתנגדות לתכנית בקרב חוגי הימין והציונות הדתית. הימין המתון, המרכז והשמאל תמכו בתכנית, גם אם מסיבות שונות. באמצעות התכנית, ביקש ראש הממשלה שרון להסיר סלע מחלוקת בין ישראל ובין הפלסטינים, לשמוט את הקרקע מתחת לטענות הפלסטינים בדבר כיבוש ישראלי ברצועת עזה, לשפר את מעמדה של ישראל בעולם ולאפשר לישראל להגן על עצמה מעמדה נוחה יותר, טקטית ואסטרטגית.
בקרב המתנגדים לתכנית, התעוררה טענה כי פינוי חד-צדדי של התושבים מבתיהם הוא פגיעה מהותית בזכויות האדם שלהם. כמו-כן נשמע ערעור על התועלת הביטחונית שבמהלך, בטענה שההתפנות הישראלית מעזה תעודד את התוקפנות בצד הפלסטיני ותחשוף ישובים רבים יותר בישראל לאש שתיירה מרצועת עזה. יחד עם זאת, עיקר ההתנגדות היה אידיאולוגי. הימין והציונות הדתית הביעו התנגדות עקרונית לכל פינוי של ישובים בארץ-ישראל ולכל אפשרות של נסיגה לקווי 1967, וראו בפינוי הישובים בעזה ובצפון השומרון תקדים מסוכן.
המחאה נגד תכנית ההתנתקות הייתה רחבה ונמשכה זמן רב, לאחר שהחלה בטרם אושרה התכנית בכנסת בסוף אוקטובר 2004. הפגנות, תהלוכות, עצרות המוניות ושפע של התבטאויות ביקורתיות אפיינו את המחאה. פרט לכך, היו מספר מעשים קיצוניים, שכללו התנקשות בחייהם של ערבים וגם שני מקרים של הצתה-עצמית כמחאה.
בסופו של דבר, בוצעה תכנית ההתנתקות והנוכחות הישראלית ברצועת עזה פגיעה לסיומה. הן מחנות הצבא והן הישובים האזרחיים פונו בתוך ימים אחדים, על אף התנגדות עיקשת של חלק מהמתיישבים. יחד עם זאת, תכנית שיקום המתיישבים, ובכלל זה הקמת ישובים חדשים למי שהעדיפו לא לקבל את הפיצוי הכספי מהמדינה. גם לאחר שנים אחדות מאז ביצוע התכנית, לא הסתיים הטיפול במקצת המפונים.
תכנית ההתנתקות נחוותה כטראומה בקרב אנשי הישובים שפונו ובקרב הימין וציונות הדתית. הטראומה הועצמה על רקע העובדה שהפינוי החל למחרת ט' באב ובעיקר כיוון שבתי-הכנסת והמבנים הדתיים לא פונו בשלמותם אלא הושארו כל מכונם ונשרפו על-ידי הפלסטינים למחרת הפינוי.
פרשת ההתנתקות נותרה כפצע פעור בציבוריות הישראלית וכמוקד למחלוקת שלא נפתרה, בעיקר על רקע האפשרות שגם בעתיד תחליט ממשלה בישראל לפנות התנחלויות באזורי יהודה ושומרון.
