הבחירות לכנסת הששית התקיימו בצלה של "הפרשה" או "העסק הביש". מדובר בכישלון
של פעולת חבלה חשאית שישראל ביצעה בתחומי מצרים באמצעות רשת של סוכנים שגויסו מקרב צעירי הקהילה היהודית במצרים. הצעירים גויסו על-ידי המודיעין הצבאי הישראלי ופעלו במסגרת יחידה 131 שהייתה אמונה אז על ריגול במדינות ערב. החוליות מהסוג הזה נועדו לשעת מלחמה, לצורך פעולה בעורף האויב, ועד
אז היו אמורות להיות רדומות. ביוני 1954 הוטלה הפעלת הרשת על אברי אלעד.
בינתיים, התעוררה דאגה בישראל נוכח דיווחים על כוונתה של בריטניה לפנות את צבאה מתעלת סואץ. במודיעין הצבאי הישראלי נרקמה תוכנית לבצע שורה של מעשי חבלה במצריים, תוך יצירת הרושם שהפיגועים הן מעשה ידיה של תנועה לאומנית מצרית. בכך ביקשה ישראל לשבש את היחסים בין מצרים ובין בריטניה והמערב. התקבלה החלטה שלצורך פעולות החבלה תופעל החוליה של אברי אלעד. ביולי 1954 הטמינו אנשי החוליה מטען חבלה בדואר באלכסנדריה ולאחר מכן הניחו מטענים בספריות אמריקניות בקהיר ובאלכסנדריה. לשיאם היו אמורים מעשי החבלה להגיע ב-23 ביולי 1954, יום השנה למהפכה הקצינים במצריים. התכנית הייתה להניח מטעני חבלה בבתי קולנוע בקהיר ובאלכסנדריה. הפעולה נכשלה בגלל תקלה טכנית באחת הפצצות.
ניהול החוליה והפעלתה לא עמדו באמות מידה של פעולה מודיעינית חשאית בארץ אויב. המידור היה חלקי, דרכי מילוט לא הוכנו כראוי, יותר מדי אנשים היו מעורבים בתחזוקה השוטפת של החוליה הרדומה. לכידתם של מבצעי הפיגועים הביאה עד מהירה לנפילת החוליה כולה ולפגיעה ברשתות המודיעין הישראלי במצרים. ביולי 1954 הועמדו לדין 13 חברי החוליה, כשרק אברי אלעד מצליח למלט עצמו ממצרים. בין העצורים היה מאיר (מקס) בנט, שאמנם היה איש מודיעין ישראלי אך לא היה חלק מהחוליה. בינט התאבד בכלא המצרי בדצמבר 1954 לאחר שעונה קשות. באותו חודש החל משפטם של חברי הרשת. שני הבכירים בה, ד"ר משה מרזוק ושמואל עזר, נידונו למוות ונתלו בינואר 1955. שלושה חברים אחרים נידונו למאסר עולם, שניים לתקופות מאסר של שבע שנים, ומרסל ניניו נידונה ל-15 שנות מאסר. שניים זוכו מאשמה.
לציבור הישראלי לא הותר לדעת את פרטי "הפרשה". ראש הממשלה שרת מינה את ועדת אולשן-דורי, שהורכבה משני חברים: נשיא בית המשפט העליון יצחק אולשן והרמטכ"ל לשעבר יעקב דורי. השאלה שעמדה במוקד החקירה הייתה "מי נתן את ההוראה", כלומר מי הורה על הפעלת החוליה לצורך ביצוע מעשי החבלה. בעיקר נבדק החשד ששר הביטחון, פנחס לבון, הוא שנתן את ההוראה. ועד אולשן-דורי לא הצליחה לברר האם אכן כך היה.
במשך שנים אחדות, עד שנת 1960, שככו הדי "הפרשה". עד שברבות הזמן הועמד לדין אברי אלעד, בחשד שהיה סוכן כפול בשירות המצרים. אלעד טען שבמודיעין הצבאי הישראלי זויפו מסמכים. בינתיים, פנחס לבון דרש מבן-גוריון לנקות אותו מכל אשמה. בן-גוריון סירב. השאלה "מי נתן את ההוראה" נותרה ללא פתרון. ראש המודיעין הצבאי, אל"מ בנימין ג'יבלי הפנה את האשמה לעבר לבון, בטענה שלבון הוא שנתן לו את ההוראה, ועשה זאת בעל-פה. "הפרשה" סירבה להיעלם והמשיכה לעשות שמות בציבוריות הישראלית ובמערכת הביטחון.
ממשלת ישראל החליטה להקים את "ועדת השבעה", ועדה של שבעה שרים בראשות שר המשפטים פנחס רוזן. בדצמבר 1960 קבעה הוועדה רשמית שלא פנחס לבון הוא שנתן את ההוראה. יתרה מכך היא קבעה שלבון כלל לא ידע על הפעולה במצרים. בנימין גיבלי נאלץ להתפטר מצה"ל. כעת התחזקה הסברה שמסמכים שהוצגו לוועדת אולשן-דורי אכן זויפו, כפי שטען אברי אלעד. עלה חשד שוועדת אולשן-דורי קיבלה דיווחים שקריים שהביאו אותה לא להיות מסוגלת להכריע מי נתן את ההוראה, כלומר מי אחראי לכישלון החמור במצרים.
"הפרשה" בולטת ככישלון ביטחוני מן המעלה הראשונה. הן ברמה המבצעית, הן בשיקול הדעת הלקוי, הן בקבלת ההחלטות, הן בנטילת האחריות ובקביעת סדרים ברורים של כפיפות, ניהול, בקרה וביקורת. יתרה מכך, "הפרשה" איימה לסבך את ישראל ברמה הבינלאומית ולפגוע ביחסיה עם מדינות המערב, מעבר לנזק שבחשיפת פעילות חשאית אלימה ועוינת שישראל ניהלה על אדמתה של מצרים.
