חכמי ישראל שלמדו תלמוד בימים שקודם לדפוס למדו אותו מספרים שהועתקו ביד, כתבי יד. כל כתב יד היה שונה מחברו. וההבדלים האלה שבין כתבי היד משתקפים בצורה בולטת בחיבורי המפרשים והפוסקים הראשונים.
כל מי שחפץ להכיר את התלמוד כהווייתו - ובלשונו המקורית - חייב לשאוף להגיע לנוסחים הקדומים ביותר הקיימים, ולדלג על מאות שנים בהם הגיהו שיפצו ו"תיקנו" את נוסח התלמוד.
יתר על כן, צורתו של התלמוד - או נכון יותר צורותיו - כפי שהן משתקפות בכתבי היד,משמרות עדיין הדים מימים קדומים, ימים שהרצו את התלמוד על פה. ריבוי הנוסחאות ואופי השינויים שבין מסורות כתבי היד, מלמדים על החופש שהיה בידי מוסרי התלמוד הראשונים שמסרוהו בישיבותיהם על פה.
גם לאחר שהועלה התלמוד על הכתב, בתהליך שהחל כנראה במאה השמינית, עוד חלו בו שינויים,חלקם טעויות העתקה חלקם תיקוני חכמים וסופרים.
המחקר מעלה שיש התאמה בין מרכזי התורה ובין ענפי כתבי היד. כך למשל כתבי יד שמוצאם בספרד מתאימים לרוב למסורת הלימוד של חכמי ספרד (כגון רי"ף, רמב"ם, רמב"ן ותלמידיהם).ספרי אשכנז מתאימים למסורת הלימוד של רש"י ובית מדרשו.
העושר והמגוון הרב שבנוסחאות נעלמו באחת עם העלאת התלמוד על מכבש הדפוס. כתבי היד העתיקים שנשתמרו - אלה שניצלו מפגעי הזמן ומהשמדה מכוונת - שמורים כיום בספריות ברחבי העולם ואינם בהישג ידם של הלומדים. לפיכך, נאספו באוצרו של המכון לכתבי יד עבריים שבספריה הלאומית בירושלים, במשך עשרות שנים, צילומים של כתבי יד עבריים מכל העולם, ובהם רוב כתבי היד של הספרות התלמודית.
כיום מאפשרת הטכנולוגיה ללומד לעיין בכתב היד כצורתו, בלחיצת מקש. כתבי היד המוצגים באתר צולמו מחדש - רובם מהמקור - בצילומים איכותיים שנעשו במיוחד למפעל זה.
מעתה, האוצרות השמורים בכתבי היד אינם עוד נחלתם של חוקרים ומומחים בלבד, והם מוצעים בזה בפני כל שוחר תרבות ישראל
