
אוסף היהדות, הנמנה עם חשובי האוספים בתחום בעולם,
יוסיף להיות מעמודי התווך של הספרייה. פיתוחו יבוסס על מדיניות איסוף מקיפה – איסוף רב ככל האפשר של חומר על היהדות והיהודים, ושל יצירתם וביטויי תרבותם בכתב, באומר, בצליל ובתמונה – מימי קדם ועד ימינו.
האוסף יכלול מקורות ראשוניים ומשניים מקיפים בפורמטים מגוונים – כתבי יד, ספרים, עיתונים, ארכיונים, אפמרה (חומרים מודפסים בני חלוף, כגון כרזות, לוחות שנה, מנשרים וכיו"ב), כתבי עת וחומר דיגיטלי. פיתוח אוסף היהדות יתבסס על חומר מישראל ועל איסוף חומרים מהעולם, לפי סדר עדיפויות של צורכי המשתמשים, עלות וסכנת אבדן. הספרייה תבחן את מערך ההפקדה והשימור בספריות הלאומיות במדינות שבהן יוצא לאור מרב החומר בתחום היהדות, מתוך שאיפה להסתפק, כל אימת שניתן, בעותק דיגיטלי בלבד, ולהסתמך על השימור ארוך-הטווח של ספריות אלו.
הספרייה הלאומית משמשת 'זיכרון לאומי' לאומה,

למדינה ולארץ בה היא שוכנת. אוסף ישראל, שעד היום לא היה קיים כאוסף עצמאי, ישמש ככזה בהתבסס על מדיניות איסוף מקיפה, היינו איסוף שיטתי של כל התכנים היוצאים לאור בישראל ושימורם, כמוגדר בחוק ההפקדה; כינוס ארכיונים אישיים של יוצרי תרבות בולטים; הרחבת אוספי אפמרה, חוזי ושמע; איסוף היצירה הישראלית באינטרנט; פרסומים היוצאים לאור בעולם ונוגעים לישראל; עבודות גמר לתארים מתקדמים; פרסומי הממשלה; צילומי ארץ ישראל על כל תקופותיה; תיעוד בעל פה (oral history) ועוד.
בנוסף, יוקם מפעל 'תיעוד ישראל' שיכלול איסוף של חומרים המשקפים את החיים, היצירה והתרבות של החברה הישראלית על כל רבדיה, עדותיה ומגזריה. חומרים אלו ישמשו בסיס לתצוגות מקוונות ולתערוכות פיזיות. אוספי יהדות וישראל יכללו תתי-אוספים המאורגנים לפי פורמט, בהם אוספי מוזיקה וארכיונים.
אוסף אסלאם והעולם המוסלמי יטפל בהרחבה בדת

האסלאם ותולדותיה, ובעולם המוסלמי בעבר ובהווה, היינו, בארצות שבהן היו המוסלמים, או עודם, דומיננטיים, או מיעוט משמעותי. נוסף על הקריטריון הדתי והגיאוגרפי, האוסף יעסוק בלשונות העולם המוסלמי ובספרות שנוצרה בלשונות אלו לאורך הדורות. היקפו העצום של העולם המוסלמי יחייב בחירה של היקף הטיפול במגוון הנושאים הכרוכים בו. יושם דגש על מדינות המזרח התיכון וצפון אפריקה ועל נושאים בעלי משקל בעולם המוסלמי בעבר ובהווה. מומחי התוכן יעקבו אחר השינויים, הן במציאות הן בעולם המחקר, ויעדכנו את עדיפויות האיסוף בהתאם. פיתוח האוסף יתבסס במידה רבה על הנגשת חומרים הנמצאים ברשות מוסדות אחרים בארץ ובעולם באמצעות הסדרי שיתוף פעולה עמם ותיאום רכישות קפדני ברמה הארצית.
האוסף ייבנה בהתאם לצרכים המגוונים של קהל הטרוגני, הכולל חוקרי אסלאם מהארץ ומחוצה לה ואת הציבור הרחב, ובפרט הציבור הערבי בישראל. תוכן דיגיטלי יאפשר גישה מקוונת גם ממדינות האזור. התכנים יהיו חלק מפעילויות תרבות וחינוך של הספרייה, בציפייה שיסייעו למשוך גם את הציבור הערבי לספרייה.
באוסף כללי במדעי

הרוח ייכללו נושאים שאינם נכללים בתחומי הליבה. האוסף יכיל תתי-אוספים בנושאים אשר יש להם נגיעה לנושאים נחקרים בתחומי הליבה, ביניהם נצרות, פילוסופיה והיסטוריה כללית של העולם המערבי והמזרח התיכון; האוסף ישרת את הקהל הרחב לצורכי מחקר ועיון וישמש כספריית מחקר של האוניברסיטה העברית במדעי הרוח, בתיאום ושיתוף פעולה עם ספריית הר הצופים למדעי הרוח והחברה ע"ש בלומפילד. מגוון המטרות ורבגוניוּת המשתמשים יחייבו התאמת האיסוף לצורכי קהל היעד.