בשנת 1933 עלה תשבי ארצה. את נשף הפרידה שנערך לכבודו בבודפשט ניתן לראות כאבן דרך בהתפתחותו הספרותית והאישית. בערב הוקראו ואף הולחנו אחדים משיריו של תשבי, שיצאו כעבור יובל בספר השירה שלו "
שביבי עלטה". השם אינו מקרי, תשבי הביט על נעוריו בהונגריה כתקופה חשוכה. בנאום שנשא באותו ערב הוא מתח קו הפרדה ברור החוצץ בין בודפשט לירושלים: "אוי לו לאדם שנולד במזל האופל [...] כמה אפלות הן יצירותיו אם לא ראה אור מימיו! ואני, אני בן האופל הנני! [...] וכה נעשיתי למשורר האופל והיגון. השירים האלה שישמעו פה הערב, מרה שחורה נסוכה עליהם, עטופים הם בצעיף הגלות. אולם בשורה נתבשרתי: עוד יבקע השחר גם לי, גם לי. בן האופל צועד לקראת האור!" אמר, ועלה ארצה.
תשבי החל את לימודיו באוניברסיטה העברית בשנת 1935, ועד מהרה התבלט בין תלמידיו של פרופ' גרשם שלום. בשנת 1940 החל לעבוד במכון שוקן על ההדרת החיבור האנטי-שבתאי "ציצת נובל צבי" על פי כתב יד יחידי. עבודתו של תשבי הרשימה רבים וזכתה להערכה. כשרונו הרטורי וכתיבתו הרהוטה באו לידי ביטוי בתוך זמן קצר בעבודת הדוקטור שלו (1943), ובספריו: "
תורת הרע והקליפה בקבלת האר"י" (1942) ו"
משנת הזוהר" (1949). חיבורים אלה הקנו לתשבי מוניטין גם מעבר לכותלי האקדמיה. בארכיון תשבי מצויות טיוטות רבות מעבודתו על חלקים א' ו-ב' של משנת הזוהר, ובנוסף טיוטות לחלק ג' שתכנן תשבי להוציא ולא הספיק.
כמו רבו, גרשם שלום, הקדיש גם תשבי חלק ניכר ממחקריו לתנועה השבתאית. בשנת 1956 הוא יצא לשנת שבתון באנגליה, שם גילה באוניברסיטת אוקספורד כתבים גנוזים של רמח"ל, שהיו פתח למחקר רב-שנים על התסיסה המשיחית בקרב אנשי חוגו. הבחירה ברמח"ל מעניינת לא רק מהזווית המחקרית. בראיון שנתן לזיסי סתוי בשנת 1984, לאחר פרסום הספר "שביבי עלטה", חושף תשבי טפח מהקשר שבין החוקר לבין מושא מחקרו, וכך אומר תשבי על רמח"ל: "הוא קרוב לי גם מבחינה ביוגרפית וגם מבחינת הצירוף של ספרות, מדע וקבלה". ואכן, בדומה לרמח"ל, גם תשבי חיבר בנעוריו מחזות אחדים וגם שירים, ואלה מלאים בתיאורים של כוחות אופל דמוניים ומיסטיים. אמנם עיקר עיסוקו בקבלה הוא עיסוק מחקרי-מדעי, אך כפי שהוא מעיד על עצמו בהמשך הראיון "בכתיבתי המדעית על הזוהר עשיתי טרנספורמציה של הדחפים השיריים", במילים אחרות, תשבי קושר בין יצירתו הלירית בשנות הנעורים ליצירה המחקרית המוקפדת בבגרותו, ולכן אך טבעי הוא שבארכיונו האישי מונחים אלה לצד אלה, באופן שנותן ביטוי לאישיותו השלמה.
נדמה שבאופן דומה ניתן להבין את משיכתו של תשבי לפרסום כתביו הסטיריים והאנטי-חסידיים של פרופ' צבי הרמן שפירא בראשית שנות ה-70. שפירא (1898-1840) רכש בילדותו השכלה תורנית רחבה, ואף שימש כראש ישיבה בליטא, אך לימים דבק בציונות והפך לאחד מראשי התנועה הציונית. כתביו הסטיריים מעידים שגם לאחר שעזב את העולם הישיבתי, עוד עשה שימוש בטרמינולוגיה הישיבתית על דרך הסטירה כבקיא ורגיל. כמוהו, גם תשבי בחר בשלב מוקדם של חייו בעולם המדעי, אך השכיל להשתמש ברקע התורני שרכש בנעוריו. באחת מהתבטאויותיו על פרופ' גרשם שלום אמר תשבי: "היה לו רקע רחב שאין לי. כוונתי לידע שלו במדע האוניברסאלי, בדתות שונות וכדומה, ובכך איני יכול להידמות אליו כלל. אבל היה לי יתרון אחד: שאני מצוי יותר במקורות הקדומים שלנו. בעוד ששלום בא מן החוץ, באתי אני מבפנים. אני ינקתי את המקורות התלמודיים והמדרשיים מילדותי".
במשך רוב שנותיו באקדמיה שימש פרופ' תשבי כמרצה בחוג לספרות באוניברסיטה העברית, ויצר בתוכו תחום-חקר חדש בשם "ספרות המחשבה והמוסר". המדור לחקר ספרות המחשבה והמוסר היה אחד מארבעת המדורים בחוג לספרות, ובו הוכשר הדור הבא של חוקרי הקבלה, הפרופסורים יוסף דן, מנדל פייקאז' ורבים אחרים. המדור, שפעל בדמותו ובצלמו של תשבי, נסגר עם צאתו לגמלאות בשנת 1977, אך גם לאחר מכן המשיך תשבי להיות סמכות בינלאומית בתחומי מחקריו. ארכיונו האישי מלא בעשרות פניות מאת אוניברסיטאות בארץ ובעולם, וכן בפניות מאת אנשים פרטיים, המבקשים את עצתו ואת חוות דעתו במגוון נושאים.
ישעיה תשבי נפטר בשנת 1992 בירושלים. שנים אחדות קודם כן הוא דאג להפקיד את ארכיונו האישי בספרייה הלאומית, וכעת הארכיון כולו רשום ופתוח לעיון הציבור.
