מרטין בובר נולד בשנת 1878 בעיר וינה באוסטריה, אך בשנות ילדותו גדל בלבוב בגליציה בבית סבו ר' שלמה בובר, שהיה תלמיד חכם וחוקר מדרשים נודע. אף על פי שבובר לא השתייך לתנועה החסידית, שפעלה בגליציה בתקופה ההיא, הטביעה החוויה החסידית את חותמה עליו ועל הגותו.
בובר קיבל חינוך רב־לשוני: בביתו דיברו יידיש וגרמנית, והוא ידע גם עברית, צרפתית ופולנית. משבגר, החל להתעניין בכתביהם של הפילוסופים עמנואל קאנט, סרן קירקגור ופרידריך ניטשה והתרשם מהם עמוקות. הוא הפסיק לשמור מצוות וסיגל לעצמו את התרבות האירופית.
בשנת 1896 עבר בובר לווינה ולמד באוניברסיטה פילוסופיה, תולדות האמנות, גרמנית ובלשנות. בשנת 1898 היה לפעיל ציוני וייסד בלייפציג את ''מועדון הסטודנטים היהודים'' באוניברסיטה המקומית. בובר השתתף בקונגרסים ציוניים, אך עם הזמן החל להתרחק מדרכו של הרצל ותמך בחיים וייצמן. ביחד הם ייסדו בקונגרס הציוני החמישי את הפרקציה הדמוקרטית.
בשנת 1904 נטש בובר את פעילותו החברתית-ציבורית והחל בפעילותו הספרותית והמדעית. הוא פרסם מהדורה מעובדת בגרמנית של סיפורי המעשיות לרבי נחמן מברסלב (1906), ושנתיים מאוחר יותר פרסם בשפה הגרמנית את "אגדת הבעל שם" – סיפורי הבעל שם טוב, מייסד תנועת החסידות. הוא נשא הרצאות רבות על היהדות והשפיע מאוד על תלמידיו. חיבורו הגדול בתחום הפילוסופיה של הדת ''אני אתה'' התפרסם בשנת 1923. בשנת 1930 התמנה לפרופסור של כבוד באוניברסיטת פרנקפורט.
בשנת 1933 במחאה על עלייתו של היטלר לשלטון בגרמניה, פרש בובר מתפקידו באוניברסיטת פרנקפורט. בימי השלטון הנאצי עמד בובר בראש מפעלי חינוך יהודיים בפרנקפורט, שנועדו לחזק את עמידתם של יהודי גרמניה.
בשנת 1938 עלה מרטין בובר לארץ ישראל והתמנה למרצה לפילוסופיה של הדת באוניברסיטה העברית בירושלים. בשנת 1942 הוא ויהודה לייב מאגנס ייסדו את תנועת ''איחוד'', שתמכה באיחוד בין יהודים לערבים וביצירת מדינה דו־לאומית בארץ ישראל.
מרטין בובר נפטר ב-13 ביוני 1965 בביתו בירושלים.
להרחבה עיינו באתר האבות המייסדים של הציונות – חזון ומעשה.