במחלקת הארכיונים למעלה מ-450 ארכיונים אישיים – רובם הגדול של יהודים שפעלו והשפיעו בתחומים שונים ומגוונים: סופרים ומשוררים, אנשי רוח, רבנים, מנהיגים ציוניים, מדענים, עתונאים, מבקרים ואחרים. כן יש לציין כי ברשותנו גם מעט ארכיונים מוסדיים כמו: ארכיון ידע עם, ארכיונים של קהילות שונות ועוד. במחלקת הארכיונים מצויים גם אוספים מיוחדים: כמו אוסף אברהם שבדרון
– אוטוגרפים ואוסף אברהם שבדרון
– פורטרטים , אוסף פריטים וויזואליים (כמיליון תצלומים, גלויות ועוד) בנושא תולדות ארץ ישראל במאה ה-19 וקהילות ישראל בתפוצה, אוספי כרוזים, כרזות וכתובות. החומר קיים בשפות רבות, וביניהן עברית, יידיש, גרמנית, אנגלית, רוסית וצרפתית.

הארכיונים בהיקפים שונים: מצרור לא גדול של מסמכים ומכתבים ועד עשרות מטרים של חומר, המאוחסן במיכלי ארכיון. במקצת מן הארכיונים אנו ממשיכים לאסוף חומר מקורי ומשני וישנם ארכיונים (כמו של מרטין בובר, ש"י עגנון, אלזה לסקר
-שילר) שאף אוספי ספרים מצורפים אליהם.
לרוב הארכיונים רשימות תוכן, אך מכיוון שהארכיונים הגיעו וסודרו בתקופות שונות, אין אחידות באופן הכנת הרשימות. לחלק מן הארכיונים אין רשימות עדיין. כיום אנו בעיצומו של תהליך הסבת הרשימות המודפסות והכתובות לתוכנת אלף, שהותאמה לצרכי רישום ותאור ארכיון. כלומר התיחסות להררכיה ולהקשר. ההסבה לתוכנת אלף מאפשרת נגישות גבוהה יותר לתכני הארכיונים.
קליטת ארכיונים מתבצעת בהתאם למדיניות הספרייה בתחומי הליבה.